Фирма владеет жильем, которое по документам зарегистрировано, как юридический дрес. Может ли она работать в нем по разрешительному документу МЧС?

Если Юрлицу принадлежит квартира, в ней допустимо разместить коммерческую (некоммерческую) организацию. Сделать это можно совершенно законно, но только после того, как жилье будет переведено в нежилой фонд (прописано в статье 288 ГК РФ).